En el análisis de HPLC, el tamaño de partícula del relleno de la columna cromatográfica es pequeño y es fácil de bloquear por partículas de impureza. Por lo tanto, las muestras y los disolventes deben filtrarse con antelación para eliminar las partículas contaminantes y proteger el instrumento. La cromatografía iónica, que se utiliza comúnmente en el análisis ambiental, también requiere que no se introduzcan contaminantes inorgánicos en el pretratamiento de la muestra.