يمكن استخدام قوارير أخذ العينات التلقائية لحقن عينات من جهاز أخذ العينات التلقائي. تتوفر قوارير أخذ العينات التلقائية في مجموعة متنوعة من الأحجام، مع كون قارورة 2 مل هي الحجم الأكثر شيوعًا. أثناء عملية الحقن، تخترق إبرة أخذ العينات التلقائية الغطاء وتستخرج الكمية المطلوبة من المادة التحليلية من القارورة. هناك أنواع مختلفة من قوارير لتطبيقات اللوني.